細(xì)菌的形態(tài)與結(jié)構(gòu)特征是細(xì)菌鑒定的重要依據(jù)，但其可受外界環(huán)境及細(xì)菌生長周期等的影響而發(fā)生改變，因此進(jìn)行細(xì)菌形態(tài)與結(jié)構(gòu)檢查時，需考慮培養(yǎng)條件、標(biāo)本來源等因素。

一、顯微鏡觀察法

細(xì)菌形體微小，肉眼不能直接看到，必須借助顯微鏡放大后才能觀察到。

1.普通光學(xué)顯微鏡  普通光學(xué)顯微鏡(light microscope)以可見光為光源，波長0.4~0.7μm，平均約0.5μm。其最大分辨率為光波波長的一半，即0.25μm。常用油鏡觀察細(xì)菌(放大1000倍)。為增加其與周圍環(huán)境的對比度，以便清楚觀察細(xì)菌的形態(tài)與部分結(jié)構(gòu)，需將細(xì)菌進(jìn)行染色。

2.電子顯微鏡  電子顯微鏡(electrn microscope)是利用電子流代替可見光波，以電磁圈代替放大透鏡。電子波長極短，約為0.005nm，其放大倍數(shù)可達(dá)數(shù)十萬倍，能分辨1nm的微粒。不僅能看清細(xì)菌的外形，還可觀察內(nèi)部超微結(jié)構(gòu)。目前使用的電子顯微鏡有兩類，即透射電子顯微鏡(transmission electron micxoscope,TEM)和掃描電子顯微鏡(scanning electron microscope,SEM)。SEM的分辨率一般較 TEM 低，但可清楚地觀察物體的三維形貌和表面結(jié)構(gòu)。配合電子顯微鏡觀察使用的標(biāo)本制備方法有磷鎢酸或鉬酸銨負(fù)染色、投影法、超薄切片、冰凍蝕刻法等。電子顯微鏡標(biāo)本須在真空干燥的狀態(tài)下檢查，故不能觀察活的微生物。此外，還有暗視野顯微鏡(darkfield microscope)、相差顯微鏡(phase contrast microscope)、熒光顯微鏡(Huorescence microscope)和激光共聚焦顯微鏡(confocal laser scanning microscope)等，適用于觀察不同情況下的細(xì)菌形態(tài)和/或結(jié)構(gòu)。

二、染色法

細(xì)菌體形小、半透明,經(jīng)染色后才能觀察較清楚。細(xì)菌等電點為pH2~5,在中性或堿性環(huán)境中帶負(fù)電荷，易與帶正電荷的堿性染色劑結(jié)合而染上顏色。酸性染色劑不能使細(xì)菌著色，而使背景著色形成反差，故稱為負(fù)染(negative staining)。

染色法有多種，Z常用和最重要的分類鑒別染色法是革蘭氏染色法，由丹麥細(xì)菌學(xué)家漢斯·克里斯蒂安·革蘭(Hans Christian Gram,1853-1938)于1884年創(chuàng)建。革蘭氏染色法是將標(biāo)本固定后，先用堿性染料結(jié)晶紫初染，再加碘液媒染，然后用95%乙醇脫色，最后用稀釋復(fù)紅復(fù)染，染成紫色的細(xì)菌為革蘭氏陽性菌，染成紅色者為革蘭氏陰性菌。革蘭染色法在鑒別細(xì)菌、了解細(xì)菌致病性和指導(dǎo)選擇抗菌藥物等方面具有重要的意義。

細(xì)菌染色法中，還有單染色法、抗酸染色法以及莢膜、芽胞、鞭毛、細(xì)胞壁、核質(zhì)等特殊染色法。抗酸染色法主要用于結(jié)核分枝桿菌、麻風(fēng)分枝桿菌等抗酸性細(xì)菌的鑒別。